このような配慮をするのは素晴らしいことです。（共著者からの、「筆頭著者が自分の名前を論文に載せてくれない」といった逆の状況の相談も多く寄せられるため。）
ご質問への回答としては、あなたが決めた通りに進めて良いと思います。とはいえ、共著者の方に最後にもう一度だけ連絡して、必要な情報を伝えましょう。具体的には、「確認を取るために何度も連絡しましたが、確認が取れません。確認が取れないままではありますが、共著者としてあなたの名前を載せます」といった内容になるでしょう。（今後何かあったときのために、念のためこのようなメールは保存しておきましょう。）また、この状況をジャーナル編集者に伝えて相談することも必要でしょう。この状況が問題視されることはないと思われますが、こうしたケースを警戒するジャーナルもあります。ジャーナル論文ではなく学会論文だけなら、このような状況でも問題は起きにくいでしょう。
ここで気になるのが、学会での発表予定があり、共著者がいるにもかかわらず、研究について話し合う機会がないようだということです（もともとあなたが1人で発表する予定だったのかもしれません）。また、予備的な結果のみを発表する予定なら（学会発表はそもそもそのような場ですが）、学会でのフィードバックを活かしてより完成度の高い論文に仕上げるにはどうすべきかを考える必要も出てくるでしょう。その段階になっても共著者と連絡がつかなければ、共著者の貢献があるにもかかわらず、論文著者はあなただけになるかもしれません。そうなれば、状況は今より複雑になるでしょう。だからこそ、学会論文とジャーナルの編集者に必ず相談することが必要です。学会論文とジャーナルの出版元が同じなら、問題の複雑さは多少軽減され、編集者がベストな対応策を考えてくれるでしょう。
最後に、学会発表を控えているあなたに、参考になる記事とリソースをご紹介します。現在は新型コロナの関係でオンライン学会が主流かもしれませんが、いずれも役に立つはずです。
適切な解決策が見出せることを願っています！
