９月８日に医学系の雑誌にFull paperを投稿したのですが、一カ月以上たってもステータスがwith editorのままになっています。一カ月経過したところでお伺いメールをだしたのですが、反応はありませんでした。同じ雑誌に短報も投稿しているのですが、こちらも、required reviews completed のまま二カ月経過したりしています。以前同じ雑誌に投稿したときにはこういうことはなかったのですが、最近、Editor-in-Chiefが交代したところです（前任の方は亡くなったという経緯もあります）。Rejectする気ではなくに単に忙殺されているのではと想像します。心象を害さなければFull paperはWithdrawしてもよいとも思いますがいかがでしょうか？常識的にもう少し待った方がよいでしょうか？
最初に論文を投稿してからまだ1ヶ月しか経っていないということですので、取り下げを考えるにはやや早い気がします。以前はそのジャーナルでとくに問題がなかったというあなたの経験も考慮すると、なおさらそう思われます。新しい編集長の体制で編集プロセスが軌道に乗るまでに、少し時間がかかっているのかもしれません。もう数週間待ってみてから、ジャーナルに今一度、状況を尋ねるメールを送ってみるとよいと思います。回答が得られるまで、2週間おきにリマンイダーを送ってみましょう。4、5回送っても回答がなければ、取り下げを考えてもよいでしょう。
短報に関しては、査読が遅れている理由は別のもので、編集長の交代とは関係がないかもしれません。また、ジャーナルの査読に2ヶ月以上かかるのは、とくに珍しいことではありません。先のもう1本の論文投稿について問い合わせる際に、短報のステータスについて一緒に聞いてみてもよいでしょう。